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Aprendizado profundo caminhos mecanicistas, não apenas paisagens energéticas
Quando químicos ou biofísicos falam sobre um mecanismo, eles realmente estão perguntando: qual é a rota mais provável que um sistema faz ao se mover do estado A ao estado B? Na linguagem da mecânica estatística, esse é o caminho livre mínimo (MFEP) através de uma paisagem acidentada e de alta dimensão. O problema é que convergir toda a superfície de energia livre para reações realistas, dobramento de proteínas ou ligação de ligantes é brutalmente caro — mesmo com amostragem moderna aprimorada.
Revanth Elangovan e coautores seguem um caminho diferente: em vez de primeiro calcular todo o cenário, eles aprendem o próprio caminho com um aprendizado multitarefa profundo, fortemente acoplado a metadinâmicas bem temperadas. Sua rede neural é um autoencoder cuja variável latente 1D atua como uma "coordenada de caminho" orientada por dados, enquanto uma perda Deep-TDA fixa as extremidades dessa variedade 1D nas bacias de reagentes e produtos. Metadinâmicas enviesadas ao longo da coordenada latente de "progresso" impulsionam o movimento ao longo do caminho atual; O viés da perda por reconstrução afasta a amostragem para descobrir rotas alternativas. Um cronograma de recozimento simulado sobre o viés metadinâmico ajuda o sistema a se estabelecer no MFEP global em vez de um local.
Uma vez que o modelo converge, o decodificador se torna um gerador de mecanismos: ao percorrer o caminho latente e decodificar de volta ao espaço completo do descritor, o método produz uma "impressão digital mecanicista" — uma sequência de mudanças estruturais que descreve a reação ou transição conformacional de forma legível por máquina. Os autores mostram isso em três problemas muito diferentes: uma isomerização hidrobrominante em fase gasosa, onde o MFEP passa corretamente pelo verdadeiro reagente, dobramento chignolin, onde o caminho aprendido recupera a sequência conhecida de rearranjos de ligações de hidrogênio, e um sistema hospedeiro-convidado calixareno onde o algoritmo redescobre a via de desligamento "úmida" mediada pela água que domina em uma rota seca.
A mensagem maior é convincente: ao combinar amostragem aprimorada com aprendizado profundo, você pode evitar a necessidade de convergir uma superfície completa de energia livre de alta dimensão, ir diretamente atrás do caminho de energia livre mínima e automaticamente transformar esse caminho em uma impressão digital quantitativa do mecanismo. Isso abre a porta para uma nova classe de modelos onde não aprendemos propriedades apenas de estruturas estáticas, mas também de impressões digitais mecanicistas — usando ML para prever cinética, projetar catalisadores ou filtrar ligandos com base em como eles se movem por paisagens energéticas complexas, não apenas onde começam e terminam.
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