Magnez może pomóc w zapewnieniu odpowiedniego poziomu witaminy D. Spersonalizowana suplementacja glicynianem magnezu (przez 12 tygodni) zwiększyła poziomy dwóch mikroorganizmów produkujących witaminę D w jelitach: C. maltaromaticum (o 23%) i F. prausnitzii (o 2%). Suplementacja magnezem również podniosła poziomy 25(OH)D3 w jelitach, ale zmiany w tych mikroorganizmach nie wyjaśniły tego wzrostu witaminy D, co sugeruje, że magnez prawdopodobnie wspomaga witaminę D zarówno jako kofaktor enzymatyczny, jak i, prawdopodobnie, poprzez wspieranie lokalnych mikroorganizmów produkujących witaminę D w jelitach.